Para asegurar el mantenimiento de la biodiversidad de las áreas protegidas del Tajo Internacional y su patrimonio natural es necesario establecer medidas preventivas dirigidas a compatibilizar las actividades socioeconómicas con la conservación de los valores naturales. En este conjunto de medidas se incluyen la elaboración de normativa reguladora y de instrumentos de planificación y gestión de sus áreas protegidas tales como el Plan de Ordenación de los Recursos Naturales (PORN), el Plan Rector de Uso y Gestión (PRUG) o los Planes de Gestión de Lugares Red Natura 2000, con los que se determinan diferentes zonas de protección y el régimen de usos para cada una de ellas; así como la emisión de autorizaciones e informes preceptivos sobre planes, proyectos y actividades que pueden afectar a los valores ecológicos del Tajo Internacional y la realización de tareas de seguimiento y vigilancia ambiental que permitan valorar la evolución del estado de conservación de los ecosistemas y garantizar el mantenimiento de su biodiversidad.

Además, de forma complementaria, se llevan a cabo proyectos y actuaciones de conservación directa sobre el terreno dirigidas a preservar y/o recuperar los valores naturales que motivaron la declaración de estas áreas protegidas.